Zaměření a cíle našeho výzkumu
Naše laboratoř se dlouhodobě věnuje výzkumu mikrobiálních biofilmů a mikrobiálních procesů zapojených v koloběhu organického uhlíku v tekoucích vodách, zejména ve dnových, tzv. hyporheických sedimentech (viz obr.1). Při studiu obvykle využíváme 3 základní přístupy:
(1) fyzikálně-chemická a biogeochemická analýza povrchové a intersticiální vody a měření toku plynných emisí do atmosféry;
(2) měření respirační a hydrolytické aktivity mikrobiálního společenstva (INT, CTC, FDA) s cílem zjistit, jakou potenciální metabolickou aktivitu vykazují mikroorganismy biofilmu a jak je tato aktivita v sedimentech a biofilmu distribuována a
(3) analýza bakteriálního společenstva pomocí moderních molekulárních metod včetně PCR, DGGE, klonování a sekvenace DNA, FISH a CARD-FISH. Naší snahou je lépe porozumět procesům a zjistit, jakou roli hrají hyporheické sedimenty a zde žijící bakterie v procesech ukládání a transformace organického uhlíku, které jsou nedílnou součástí fungování říčního ekosystému a jeho samočistící schopnosti.
Hlavní studijní lokalita se nachází na malém, meandrujícím toku Sitka poblíž Olomouce, kde jsme zahájili naše výzkumy před více než 15 lety. Sitka je přirozeně meandrující nížinný tok s dobře vyvinutým systémem střídání úseků lokálního zanořování a vynořování povrchové vody (downwelling-upwelling). Tento značně heterogenní systém s gradienty především v podélném směru proudění podpovrchové vody umožňuje vzájemnou koexistenci aerobních, anoxických a anaerobních metabolických procesů, jejichž výsledkem je mimo jiné produkce plynných emisí CH4, CO2 a N2O do atmosféry.
Lokalizace studijní lokality
Tok Sitka ve své dolní části